دخل السجن ظلما فى قضية تزوير شهادة مرضية لفقها له أحد الضباط بسبب خلاف معه ،هو الطبيب عبد الناصر محمد مغربي والذى أدلى بتفاصيل خطيرة عقب قضاؤه فترة 18 شهرا داخل سجن طره عن نجلى الرئيس المخلوع حسنى مبارك ؛وصرح المغربي أنه بعد ثورة يناير ودخول علاء وجمال مبارك السجن تم تجهيز جناح خاص لهم يسع 14 سجينا، وفى تلك الاثناء طلب علاء مبارك من مأمور سجن طره بعض المساجين لخدمتهم مشترطا الثقافة وحسن الخلق، وعرض المأمور على المغربى أن يكون من هؤلاء إلا أنه رفض قائلا :”أنا طبيب مش خدام ولاد الريس” . 

وأكد المغربى أن علاء يتقابل مع أخيه جمال وأحيانا يتناول معه الإفطار فى زنزانته متحدثين بالهمس كى لا يسمعهما أحد،متوقفين عن الحديث إذا دخل عليهما أحد المساجين المكلفين بخدمتهما ؛ وأحيانا يقرأ علاء أحيانا القرآن الكريم حيث يحتفظ بنسخة منه فى زنزانته ويأخذها معه أثناء حضور جلسات القضايا المتهم فيها كما شوهد على شاشات التلفاز .

وفى حديث لمغربى لصحيفة المصريون قال أنه التقي بعلاء ذات مرة فى حديقة السجن وتحدث معه بعد أن أخبره أنه طبيب مكتشفا أنه يعانى من ضغط الدم وآلام فى العظام كما صرح له .

وأكمل مغربى حديثه أنه متأكد تماماً أن ما يحدث فى مصر من قبل حتى الآن المحرك الأساسى له هم رجال علاء وجمال مبارك ورموز النظام السابق محاولين بذلك إثارة الفتن وجعل المصريين يترحمون على زمن مبارك المخلوع ،مؤكدا أن علاء مبارك بمكالمة تليفونية واحدة يستطيع فعل ما يريد بمصر من خلال أياد خفية من الفقراء فى العشوائيات .